Saisie par la commission des Affaires sociales du Sénat, la Cour des comptes a publié hier son rapport sur Santé publique France. Tout en reconnaissant son rôle essentiel dans la lutte contre la pandémie de Covid-19, la Cour pointe des «faiblesses concernant sa gestion et son positionnement».
«Le manque structurel de vision stratégique des priorités de santé publique a pu nourrir au sein de l’agence le sentiment d’un financement et d’un effectif insuffisants pour le bon exercice de ses missions», souligne la juridiction financière. Hors, le budget a été consolidé et, en comparaison avec les autres agences sanitaires, «l’effectif a été globalement maintenu depuis 2016». Ainsi, malgré le sous-investissement dans les stocks stratégiques de l’Etat, «la trajectoire budgétaire (…) ne présentait pas de difficultés particulières».
En revanche, «l’insuffisante priorisation des projets et le sous-investissement structurel dans les systèmes d’information, malgré des lacunes identifiées avant même la création de l’agence, ont pénalisé la mise en œuvre de l’ensemble des missions». Ainsi, la modernisation des SI s’impose aujourd’hui comme un défi majeur.
Les magistrats appellent également à clarifier la stratégie. Ils soulignent que dans le premier contrat d’objectifs et de performance (COP), pour 2018-2022, les «attentes relatives à l’efficience de la gestion et du pilotage n’ont été assorties d’aucun objectif chiffré, alors même qu’il s’agissait de l’un des motifs de création de Santé publique France». Le prochain COP, dont l’adoption est prévue au premier semestre 2023, « devra remédier à cette lacune». Par ailleurs, l’agence a élaboré jusqu’en 2020 une programmation pluriannuelle et des programmes annuels de travail, soit une trentaine au total, décomposés en de nombreux projets «sans que des outils de gestion (systèmes d’information) et des processus formalisés ne permettent de s’assurer de leur bonne mise en œuvre». Ils ne comprenaient pas non plus d’indicateurs chiffrés, de ressources budgétaires et effectifs associés.
Depuis l’année dernière, l’établissement public a recentré sa programmation autour de six enjeux et a commencé à clarifier ses priorités d’action, cette démarche doit désormais «être affinée», et «assortie d’estimations chiffrées des moyens affectés et corrélée au contrat d’objectifs et de performance». Par ailleurs, le conseil d’administration «doit jouer un rôle plus affirmé pour orienter la stratégie».
La Cour appelle enfin à «mobiliser davantage» l’expertise de Santé publique France, estimant qu’elle est «sous-utilisée» par le gouvernement.


